Bu durum için bir arkadaşımın yazmış olduğu basit bir php scripti mevcut. Dilerseniz işinizi kolaylaştırabilir.

Script, verdiğiniz süreden daha büyük süre değerine sahip mysql processleri yakalayıp, bunları KILL ediyor (öldürüyor).
* kullanıcı adı kısmına root, root şifresi yazan kısma da root şifrenizi yazarak çalıştırabilirsiniz.

<?
var_dump(mysql_connect("localhost", "{kullanici_adi}", "{root_sifresi}"));
$result = mysql_query("SHOW FULL PROCESSLIST");
$i=0;
while ($row=mysql_fetch_array($result)) {
  $process_id=$row["Id"];
  if ($row["Time"] > 5000 ) {
    $sql="KILL $process_id";
    $i++;
    mysql_query($sql);
  }
}
echo $i." adet islem sonlandirilmistir";
?>